| Qualifikation | 1.Runde | Achtelfinale | |
| Viertelfinale | Halbfinale | ||
| Finale | |||
| Qualifikation | ||
| ESSC Bekescsaba - Bryne IL | 3:0 | 1:2 |
| zurück | ||
| 1.Runde | ||
| Grasshopper-Club Zürich - Eintracht Frankfurt | 0:0 | 0:1 |
| FC Carl-Zeiss Jena - Kremser SC | 5:0 | 0:1 |
| AC Omonia Nikosia - FC Panathinaikos Athen | 0:1 | 0:2 |
| FC Floriana - FC Dundee United | 0:0 | 0:1 |
| Sakaryaspor - ESSC Bekescsaba | 2:0 | 0:1 |
| FC Dinamo Bukarest - Kuusysi Lahti | 3:0 | 3:0 |
| Flamurtari Vlora - KKS Lech Posen | 2:3 | 0:1 |
| Derry City - FC Cardiff City | 0:0 | 0:4 |
| IFK Norrköping - Sampdoria Genua | 2:1 | 0:2 |
| FC Metz - RSC Anderlecht | 1:3 | 0:2 |
| Borac Banjaluka - Metallist Charkow | 2:0 | 0:4 |
| Roda Kerkrade - Vitoria Guimares | 2:0 | 0:1 |
| KV Mechelen - Avenir Beggen | 5:0 | 3:1 |
| ASK Inter Bratislava - ZSKA Sredez Sofia | 2:3 | 0:5 |
| Fram Reykjavik - FC Barcelona | 0:2 | 0:5 |
| FC Glenavon - Aarhus GF | 1:4 | 1:3 |
| zurück | ||
| Achtelfinale | ||
| Eintracht Frankfurt - Sakaryaspor | 3:1 | 3:0 |
| FC Carl-Zeiss Jena - Sampdoria Genua | 1:1 | 1:3 |
| KV Mechelen - RSC Anderlecht | 1:0 | 2:0 |
| FC Dundee United - FC Dinamo Bukarest | 0:1 | 1:1 |
| FC Barcelona - KKS Lech Posen | 1:1 | 1:1n.V. 5:4i.E. |
| ZSKA Sredez Sofia - FC Panathinaikos Athen | 2:0 | 1:0 |
| FC Cardiff City - Aarhus GF | 1:2 | 0:4 |
| Roda Kerkrade - Metallist Charkow | 1:0 | 0:0 |
| zurück | ||
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| Viertelfinale | ||
| Eintracht Frankfurt - KV Mechelen | 0:0 | 0:1 |
| ZSKA Sredez Sofia - Roda Kerkrade | 2:1 | 1:2n.V. 4:3i.E. |
| FC Dinamo Bukarest - Sampdoria Genua | 1:1 | 0:0 |
| Aarhus GF - FC Barcelona | 0:1 | 0:0 |
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| Halbfinale | ||
| FC Barcelona - ZSKA Sredez Sofia | 4:2 | 2:1 |
| KV Mechelen - Sampdoria Genua | 2:1 | 0:3 |
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| Finale am 10.05.1989 in Bern | ||
| FC Barcelona - Sampdoria Genua | 2:0 | |